グループガバナンスと法務｜合同会社と株式会社の違い①－大会社規制と会社形態の選択

近年、上場を予定しない大企業の子会社などの設立において、設立費用の低さや意思決定の迅速さから、合同会社を活用するケースが増加しています。

本記事は、企業グループのなかでグループ会社を新たに設立するにあたり、株式会社または合同会社を選択する場合の比較について、設立・維持コスト、機関設計、意思決定のスピード、利益配分の柔軟性など（なかでもメインとなるのは大会社規制）の観点から詳しく解説します。

ではさっそく。なお、引用部分の太字、下線、改行などは管理人によるものです。

株式会社と合同会社の主な違い

主な違いは以下のとおりです。

① 設立コストと手続

合同会社は株式会社に比べて、設立時のコストや手続の負担を低く抑えることができます。

• 登録免許税：
  株式会社の設立登記にかかる登録免許税は最低15万円ですが、合同会社の場合は最低6万円です
• 定款の認証：
  株式会社の設立には公証人による定款の認証が必要であり、約5万円の手数料がかかりますが、合同会社の定款は公証人の認証が不要です
• 現物出資：
  現物出資（金銭以外の財産による出資）を行う場合、株式会社では原則として検査役の調査や専門家による証明が必要で手間とコストがかかりますが、合同会社ではこれらが不要とされています

② 維持・運営コストと大会社規制

設立後においても、合同会社は維持・運営コストを抑えやすいという特徴があります。

• 役員の任期と登記：
  株式会社の役員には任期があり、定期的に役員変更登記を行う必要がありますが、合同会社の業務執行社員には任期の規定がないため、変更が生じない限り定期的な登記の手間や費用がかかりません
• 決算公告：
  株式会社に義務付けられている毎年の決算公告が、合同会社には義務付けられていません
• 大会社規制の不適用【★重要】：
  株式会社は、資本金が5億円以上または負債が200億円以上になると大会社となり、会計監査人や監査役の設置が強制され、内部統制システムの構築義務などが生じます。一方、合同会社にはこのような大会社規制が適用されないため、事業規模が拡大しても機関設計のコスト負担を回避できます（詳細は後述）

③ 機関設計と意思決定のスピード

機関の設置

株式会社では株主総会や取締役（取締役会）などの機関を必ず設置しなければなりません。

これに対し、合同会社では法定の機関を設置する義務がなく、会社の内部組織を自由に設計できます。

親会社による直接的な経営

株式会社では所有と経営の分離が原則ですが、合同会社は出資者（社員）が自ら業務を執行する所有と経営の一致が原則です。

法人も合同会社の社員（業務執行社員）になることができるため、親会社自らが業務執行社員として合同会社の意思決定を直接行うことが可能です。

これにより、取締役会などを介さずに親会社の意向を迅速に反映でき、意思決定のスピードが高まります。

④ 資本金と利益配分の柔軟性

資本金の計上

株式会社では、出資された額の2分の1以上を資本金として計上する義務（資本金組入規制）がありますが、合同会社にはこの規制がありません。

そのため、出資額の全額を資本剰余金とすることも可能であり、増資時の登録免許税などの負担をコントロールしやすい利点があります。

損益の分配

株式会社では、原則として出資比率（株式数）に応じて利益が配分されます。

一方、合同会社では、定款に定めることで、出資比率に関係なく自由に利益配分の割合を決定することができます。

⑤ デメリットや注意点

合同会社には多くのメリットがある一方で、以下の点には留意が必要です。

定款作成の手間

合同会社は定款自治の範囲が広く、自由に制度設計ができる反面、合弁会社などを設立する場合には、利害調整のための複雑で精緻な定款を当事者間で一から作成する必要があり、そのための手間やコスト（取引コスト）が大きくなる傾向があります。

会社更生法の不適用

合同会社には会社更生法が適用されません。

これは金融機関から見れば担保権の行使が制限されない（更生担保権化されない）というメリットとなり、資金調達（SPCとしての利用など）に有利に働く場合がありますが、万が一の経営破綻時の再建手続において、株式会社とは扱いが異なる点として認識しておく必要があります。

大会社規制について

株式会社における大会社規制とは、一定の規模に達した株式会社に対して、計算の適正性確保やコーポレート・ガバナンスの強化を目的として会社法が課している厳格な規制のことです。

大会社の定義

会社法上、大会社とは、最終事業年度に係る貸借対照表において、以下のいずれかの要件を満たす株式会社を指します。

• 資本金として計上した額が5億円以上であること
• 負債の部に計上した額の合計額が200億円以上であること

大会社規制の主な内容

大会社に該当すると、通常の株式会社に比べて以下のような義務が課されます。

① 会計監査人の設置義務

大会社は、計算書類の監査を外部の専門家に行わせるため、会計監査人（公認会計士または監査法人）を必ず設置しなければなりません。

これは株式を公開していない（全株式譲渡制限会社である）大会社であっても同様に義務付けられます。

② 監査役・監査役会等の設置義務

公開会社である大会社では、原則として監査役会（3名以上の監査役で構成され、その半数以上は社外監査役）を設置しなければなりません（指名委員会等設置会社や監査等委員会設置会社を選択した場合を除く）。また、監査役会設置会社においては、常勤の監査役を選定する必要があります。

これに対して、公開会社でない大会社では、監査役会の設置までは強制されませんが、会計監査人を置かなければならないため、それに伴い監査役を設置する義務が生じます（監査役の権限を会計監査に限定することはできません）。

③ 内部統制システムの整備義務

大会社は、取締役の職務執行が法令や定款に適合することを確保するための体制や、会社およびその子会社から成る企業集団の業務の適正を確保するために必要な体制（いわゆる内部統制システムまたはリスク管理体制）の整備に関する事項を決定しなければなりません。

取締役会設置会社では取締役会がこれを決定し、取締役会を設置していない会社では取締役の過半数で決定します。

④ 決算公告の特則（損益計算書の公告）

通常の株式会社は定時株主総会後に貸借対照表の公告を行えば足りますが、大会社の場合は、貸借対照表に加えて損益計算書（またはその要旨）も公告する義務があります（有価証券報告書を提出している会社などを除く）。

⑤ 連結計算書類の作成義務

大会社であって、金融商品取引法に基づき有価証券報告書を提出しなければならない会社は、自社の計算書類だけでなく、企業集団全体の財産および損益の状況を示す連結計算書類を作成しなければなりません。

⑥ 清算中の監査役設置義務

会社が解散して清算手続に入る場合、通常の会社では監査役の設置は任意ですが、清算株式会社となった時点において大会社であった場合には、清算手続中に行われる財産換価等における不正防止の観点から、引き続き監査役を置かなければならないという特則が適用されます。

合同会社（持分会社）における扱い

前述でも軽く触れましたが、上記の大会社規制はすべて株式会社のみを対象としており、合同会社をはじめとする持分会社には一切適用されません。

したがって、合同会社が事業を拡大して資本金が5億円以上、あるいは負債が200億円以上になったとしても、会計監査人や監査役の設置、内部統制システムの構築などは法律上強制されず、決算公告の義務もありません。この維持・運営コストの抑制効果が、大企業が子会社や合弁会社を設立する際に合同会社を選択する大きな理由の一つとなっています。

税務上の扱いについて

株式会社と合同会社を選択するにあたり、日本の税制上、両者の間に基本的な違いはありません。合同会社固有の不利な取扱いなども設けられていないため、税務上の観点のみで会社形態を決定する必要性は低いといえます。

具体的には以下の通りです。

共通点

法人税法上の基本的な取扱い（共通）

合同会社も株式会社と同様に法人格を有し、法人税法上は普通法人として扱われます。

• 課税所得や税額の計算：
  益金や損金の計算、申告期限や手続などは株式会社と全く同じです
• 各種制度の適用：
  青色申告の特典（繰越欠損金など）、軽減税率、各種税額控除なども、株式会社と同様に適用されます
• パススルー課税の不適用：
  欧米のLLC（Limited Liability Company）や日本の有限責任事業組合（LLP）では、会社段階で課税されず出資者に直接課税されるパススルー課税（構成員課税）が認められる場合がありますが、日本の合同会社には適用されず、株式会社と同様に法人税が課税されます

資本金や出資割合による判定（共通）

交際費の損金不算入の定額控除限度額の適用や、各種特例の対象となる中小法人に該当するかどうかの判定は、合同会社であっても資本金の額（1億円以下等）によって株式会社と同様に行われます（中小法人の判定）。

連結納税制度、グループ法人税制、組織再編税制などの適用において重要となる支配関係（完全支配関係）の判定についても、合同会社の場合は出資の金額（出資割合）によって株式会社と同様に判定されます（グループ税制の適用）。

その他の税目（共通）

消費税、法人住民税、法人事業税、事業所税、固定資産税などの各税目においても、株式会社との間に取扱いの違いはありません。

相違点・留意点

一方で、会社形態の性質の違いに起因して、例外的に以下の点において税務上の差異や留意点が生じる場合があります。

米国親会社をもつ場合のパススルー課税の選択（違い）

日本の課税関係とは直接関係ありませんが、米国に親会社を持つ外資系企業が日本で子会社を設立する場合、合同会社を選択すると、米国連邦税のルール（チェック・ザ・ボックス規則）上、日本の合同会社をパススルー課税の対象（パートナーシップ）として選択できるメリットがあります。

株式会社ではこの選択ができないため、外資系企業の子会社で合同会社が多用される理由の一つとなっています。

利益配分の自由度による税務リスク（留意点）

株式会社では出資割合（株式数）に応じて平等に配当を行うのが原則ですが、合同会社では定款に定めることで、出資割合とは異なる損益分配や利益配当を行うことが可能です。

ただし、この自由な利益配分の割合に経済的な合理性が認められない場合（たとえば、ほとんど出資や貢献をしていない社員に多額の利益を分配するなど）には、出資者間で経済的利益の移転（贈与）があったとみなされ、贈与税などの思わぬ課税リスクが生じる可能性がある点には留意が必要です。

補足：外資系企業の日本子会社として合同会社が多用されている点について

前述のように、日本の税制上、合同会社にパススルー課税は認められておらず、株式会社と同様に法人税が課税されます。日本の税法上は、会社レベルと構成員（社員）レベルでの二重課税を回避するパススルー課税のメリットを享受することはできません。

しかし、外資系企業の日本子会社として合同会社が多用されていることと、パススルー課税の間には密接な関係があります。

これは日本の税制ではなく、米国の税制上のパススルー課税が理由です。米国に親会社を持つ外資系企業が日本で事業活動を行う子会社を設立する場合、日本の合同会社を選択すると、米国連邦税のルールにおいてパートナーシップとしてパススルー課税を選択できるというメリットがあります。これにより、日本子会社の利益を米国親会社に配当した際に、米国側での課税上のメリット（二重課税の回避など）を享受できるため、米国法人の日本子会社として合同会社が選ばれるケースが多くなっています。

さらに、税務上の理由だけでなく、日本の会社法における合同会社の制度自体が、外資系企業の完全子会社などを運営する上で適しているという以下の理由もあります。

• 意思決定のスピードと組織の柔軟性：
  株式会社で要求される株主総会、取締役、監査役などの機関を設置する義務がないため、複雑な組織が不要であり、親会社の意向をダイレクトかつ迅速に経営に反映できます
• 大会社規制の不適用と維持コストの抑制：
  株式会社であれば負債総額が200億円以上になるなどして大会社に該当すると、会計監査人の設置が強制され多額のコストが発生しますが、合同会社にはこの大会社規制が適用されません。また、株式会社に義務付けられている毎年の決算公告も不要です
• 設立費用の安さ：
  株式会社の設立に比べて、定款の認証が不要で、登録免許税の最低額も安く抑えられます

このように、米国税制におけるパススルー課税の恩恵を受けられることと、日本の会社法において親会社主導で低コストかつ柔軟に運営できることという両面のメリットが合致しているため、外資系企業の日本子会社に合同会社が多く採用されています。

結び

今回は、グループガバナンスということで、大会社規制など制度的な観点から、会社形態の選択（合同会社と株式会社の違い）について見てみました。

グループ会社の設立において、上場を目的とせず、初期費用や維持コストを最小限に抑えつつ、親会社主導でスピーディーかつ柔軟な意思決定を行いたい場合には、合同会社の活用が適しています。

一方、外部からの資金調達を広く行う予定がある場合や、将来的な上場（IPO）を見据えている場合は、社会的な認知度が高く法令によるルールが定型化されている株式会社の方が適しています。

グループ会社の役割や将来の展望に応じて、適切な会社形態を選択することが重要です。

次の記事では、視点を変えて、社員となる者から見たメリット・デメリットやリスクの視点から、会社形態の選択（合同会社と株式会社の違い）を解説しています。

［注記］
本記事を含む一連の勉強記事は、過去の自分に向けて、①自分の独学や経験の記録を見せる、②感覚的な理解を伝えることを優先する、③細かく正確な理解は書物に譲る、ということをコンセプトにした読みものです。ベテランの方が見てなるほどと思うようなことは書かれていないほか、業務上必要であるときなど、正確な内容については別途ご確認ください。また、法改正をはじめとした最新の情報を反映しているとは限りませんので、ご注意ください。

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